EU’s naturbeskyttelsesdirektiver, fuglebeskyttelsesdirektivet og habitatdirektivet pålægger EU’s medlemslande at bevare en række arter og naturtyper, som er sjældne, truede eller karakteristiske for EU-landene. Det skal ske ved at udpege særlige områder, hvor disse arter og naturtyper er beskyttede. Habitatområderne og fuglebeskyttelsesområderne udgør tilsammen Natura 2000-områderne.
Det er myndighedens ansvar at sikre sig, at der er tilvejebragt tilstrækkelige oplysninger til at afgøre, om planerne/projektet kan skade et Natura 2000-område.
Det vurderes, at den planlagte udvidelse af Station Endrup hverken direkte eller indirekte vil medføre påvirkning af de enkelte naturtyper og habitatarter på udpegningsgrundlaget for habitatområde H79 "Sneum Å og Holsted Ådal".
Det vurderes, at projektet på grund af sin karakter og beliggenhed således ikke er til hinder for opnåelse af gunstig bevaringsstatus for Natura 2000-området og ikke vil føre til en påvirkning af dets integritet. På den baggrund vurderes der at være tale om en ubetydelig påvirkning på Natura 2000-områder
Der er ikke registreret beskyttede arter samt egnede yngle- og rasteområder inden for plan- og projektområdet. Der er registreret flere søer i nærheden af plan- og projektområdet, som er vurderet egnet som yngleområder for bilag IV-arter, og i én sø er der fundet haletudser fra brun frø. Anlægsarbejder vil foregå i dagtimerne, mens paddernes vandring finder sted om natten, og der vil desuden blive opsat paddehegn omkring byggeområdet. Plan- og projektområdet har ikke et omfang og en udstrækning, der medfører, at bilag IV-arter afskæres fra at vandre mellem deres raste- og yngleområder. Projektet vurderes derfor hverken i anlægs- eller driftsfasen at indebære en beskadigelse af yngle- og rasteområder for de relevante bilag IV-arter i deres naturlige udbredelsesområde, hvorfor påvirkningen vurderes at være ubetydelig.